Фамилию Аболонко стоит начать разбирать с суффикса, а не с корня. Формант -ко — яркая примета украинской или белорусской ономастики. В восточнославянской традиции такие фамилии указывали либо на уменьшительность, либо на родство: Аболонко — это «маленький Аболон» или «сын Аболона». Основа Аболон — народная, диалектная форма крестильного имени Аполлон.

В древнегреческой мифологии Аполлон — бог света и искусств. Имя вошло в христианский обиход, но в просторечии его упрощали: Аполлон превращался в Аболона. Так фамилия Аболонко возникла как патроним: предка звали Аболон, а его потомков стали называть Аболонками. Встречается и вариант Аболонков — та же модель, но с русским суффиксом -ов.

Географически фамилия редкая, её следы ведут в западные регионы бывшей Российской империи — современную Украину, Беларусь и юго-запад России. Форма на -ко там особенно распространена. Социальный контекст типичен для крестьянской или казачьей среды: такие фамилии фиксировали в реестрах Войска Запорожского и в метрических книгах сельских приходов.

Спорных версий немного. Можно предположить связь с диалектным «аболонь» (пойма, заливной луг), но это слово встречается реже, и фамилия тогда указывала бы на жителя у реки. Более вероятно происхождение от имени Аполлон: в украинской и белорусской традиции адаптация греческих имён через «о» вместо «а» — обычное дело. Правдоподобнее считать Аболонко патронимом, чем топонимической фамилией.