Фамилия Афонини — один из тех редких случаев, когда фамилия образована не от полной, а от краткой формы имени, да ещё и с нестандартным суффиксом. В основе лежит имя Афоня — народная, сокращённая форма крестильного имени Афанасий (с греческого — «бессмертный»). Имена вроде Афоня, Тимоха, Петруня в быту вытесняли полные церковные формы, и именно от них пошли многие русские фамилии.

Суффикс -ин в фамилии Афонини (если не путать с двойным написанием) указывает на принадлежность: «чей?» — Афонин, то есть сын, потомок Афони. Однако в данном случае мы видим не просто -ин, а форму Афонини. Это может быть либо старая патронимическая форма множественного числа, обозначавшая «из рода Афониных» (по аналогии с фамилиями типа Благини, Хитрово), либо результат позднейшего изменения написания, когда фамилию записали с двойным «и» по ошибке или для благозвучия. Встречаются и варианты Афонин, Афонькин, Афонский — все они восходят к тому же корню.

Географически фамилия Афонини тяготеет к северным и центральным областям России, где суффикс -ин особенно распространён. Владельцы этой фамилии — потомки крестьян или посадских людей, которых в документах называли по отцу: «Иван Афонин сын». Редкая форма с двойным «и» может указывать на конкретный род, который когда-то обособился в документах, и теперь эта фамилия хранит память о старом способе называть целую семью.