Фамилия Афонишев — редкий случай, когда на слух она звучит как типичная русская фамилия на -ев, но при ближайшем рассмотрении выбивается из привычного ряда. Если бы она была образована по самой распространённой модели, мы бы имели дело с Афониным (от Афоня) или Афоничевым (от Афонич). Но здесь иначе.

В основе фамилии — разговорная форма крестильного имени Афанасий. В народе оно дало множество производных: Афоня, Афонька, Афоняша, Афоняха. Суффикс -ишев указывает на то, что прозвище предка звучало как Афониш. Это не просто Афоня, а Афониш — форма с оттенком фамильярности или, что вероятнее, с суффиксом, который в некоторых русских говорах (особенно северных и вятских) использовали для образования «сыновьих» прозвищ. То есть Афониш — это «сын Афони» или «маленький Афоня», а уже от этого прозвища пошла фамилия Афонишевы.

Географически фамилия тяготеет к Верхневолжью и северо-востоку России. В переписных книгах XVII века по Костромскому и Ярославскому уездам встречаются крестьяне с прозвищем Афониш, что подтверждает именно такую модель словообразования. В отличие от южнорусских фамилий на -енко, здесь работает типично великорусский суффикс -ев, который присоединялся к основам, оканчивающимся на шипящий или мягкий согласный.

Интересная деталь: написание фамилии могло колебаться. В дореволюционных документах встречается вариант Афонишев (через «о» после «ш»), но в некоторых говорах «ш» перед «е» смягчалось, и фамилию могли записать как Афонишев — с тем же корнем, но другой графикой. Современное написание закрепилось за Афонишевым, и это единственная литературная норма.

По сословной принадлежности носители фамилии — почти исключительно крестьяне и мещане. Дворянских родов Афонишевых не зафиксировано. В XIX веке фамилия встречается в метрических книгах Вятской, Пермской и Костромской губерний. Так что предки нынешних Афонишевых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, жившими на севере и северо-востоке России.