Фамилия Афонников нечасто встречается в современных справочниках, и её редкость — прямое следствие необычного способа образования. В основе лежит каноническое имя Афанасий (с греческого «бессмертный»), которое в бытовой речи русские крестьяне и горожане охотно укорачивали до формы Афоня. От этого уменьшительного имени и пошла фамилия, но не напрямую, а через промежуточную ступень.

Сначала появилось прозвище или отчество Афонник — «сын Афони» или «человек из семьи Афони». Для этого использовали редкий суффикс -ник-, который в русских фамилиях встречается куда реже, чем привычные -ов или -ин. Обычно -ник указывает на профессию (сапожник, плотник) или на принадлежность к месту (лесник, дворник). Здесь же суффикс, скорее всего, выполнял патронимическую функцию: обозначал потомка по имени Афоня, а не ремесло. И только потом, по стандартной модели русских фамилий, к основе Афонник добавили конечный суффикс -ов, заменив старую форму на современную.

Получилась двухступенчатая конструкция, которая отличает Афонникова от более простых однокоренных фамилий. Афонин — прямой патроним от Афоня (суффикс -ин). Афанасьев — от полной церковной формы имени. Афонников же — более сложный вариант, где между именем и фамильным суффиксом вклинился ещё один словообразовательный элемент.

Географически фамилия привязана к северным и центральным губерниям России — Вологодской, Архангельской, Костромской. В этих краях имя Афанасий было особенно популярно, а местные говоры охотно укорачивали имена: Афоня, Афонька. Встречаются и варианты написания через одно «н» — Афоников, но это скорее описка в документах, чем осмысленное изменение.

Сословного барьера у фамилии не было: её носили и крестьяне, и мещане, и духовенство. В среде священников имя Афанасий было частым, и фамилии от него образовывали по тем же правилам, что и у мирян. Однако по-настоящему редкой Афонников остаётся: в современных адресных книгах она встречается точечно, без ярко выраженного регионального сгущения.

Спорных версий происхождения у фамилии нет: все лингвисты сходятся на том, что корень — Афоня, уменьшительное от Афанасий. Единственное, что может сбить с толку, — совпадение с прозвищем «афонник» (монах с Афона), но это слово в русском языке не закрепилось как прозвище, а фамилия Афонников к монашеству отношения не имеет.