Фамилия Афонцова — женская форма фамилии Афонцов, и её разбор стоит начать с суффикса. В русских фамилиях суффикс -ов(-а) стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Афонцов, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Афонец. Но здесь интереснее основа. Афонец — это не просто производное от имени Афанасий (как Афоня, Афонька), а форма с суффиксом -ец, который в древнерусском языке часто обозначал жителя какой-либо местности или выходца оттуда. Сравните: тверич — тверец, донской казак — донец. Так и Афонец — это человек, связанный с Афоном, то есть со Святой горой Афон в Греции, центром православного монашества.

Таким образом, прозвище Афонец давали либо паломнику, побывавшему на Афоне, либо монаху, имевшему отношение к афонским монастырям, либо человеку, который внешностью или поведением напоминал афонского старца. В русских землях такие прозвища были нередки: в XVI–XVII веках многие купцы и крестьяне ходили на богомолье в дальние монастыри, и вернувшийся с Афона получал устойчивое прозвище, которое затем закреплялось за его потомками. Версия, что основа — просто уменьшительное от Афанасий, тоже возможна, но менее точна: для уменьшительного имени типичны суффиксы -я, -ка, -уша, а -ец придаёт именно прозвищный, «географический» оттенок.

Фамилия Афонцов (и Афонцова) — не самая распространённая, но встречается в центральных и южных регионах России, особенно в областях, где было развито паломничество: Курской, Воронежской, Тамбовской. В документах XIX века можно найти записи об Афонцовых среди крестьян и мещан, что говорит о её демократическом происхождении — без дворянских корней, из среды простых людей, чьи предки отличались благочестием или странничеством.

Словообразовательная модель проста: прозвище Афонец → фамилия Афонцов (притяжательное прилагательное с суффиксом -ов) → женская форма Афонцова. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Афо́нцова, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый. В целом, фамилия Афонцова — редкий пример того, как географическое название (Афон) через прозвище стало родовым именем, и её носители могут с полным правом считать себя потомками людей, имевших прямое отношение к одному из главных центров православной культуры.