Фамилия Аганидзе, скорее всего, образована от названия реки Аган в Ханты-Мансийском автономном округе. Аган - левый приток реки Тромъеган, близ впадения её в Обь, длина 544 км, площадь бассейна 32 200 км². Истоки Агана расположены на возвышенном болотистом водоразделе бассейна реки Пур и правых притоков Оби. Протекает в центральной части Западно-Сибирской равнины. Вероятно, предок обладателя фамилии Аганидзе был уроженцем населенного пункта, расположенного в долине реки Аган.