Фамилия Аганиев — случай, когда типичная русская форма скрывает нетипичную основу. По модели образования это притяжательное прилагательное на -ев: суффикс отвечает на вопрос «чей?», то есть Аганиев — сын или потомок человека по имени или прозвищу Аганий. Но с основой всё интереснее: в православных святцах имени Аганий нет, а в дореволюционных метрических книгах оно встречается почти исключительно у армян-григориан.

Корень здесь — армянское имя Аган (Հագան) или его полная форма Аганес (армянский вариант Иоанна). Аганес — это армянское Ованес, то есть Иван. Если бы фамилия образовалась от Аганеса напрямую, мы бы получили Аганесов. Вместо этого основа укоротилась до Аган-, затем русифицировалась через суффикс -ий (Аганий), и уже от этой искусственной формы пошла фамилия Аганиев. Такой путь типичен для армян, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках: их имена адаптировали под славянское окончание, а потом добавляли русский патронимический суффикс.

Спорная версия — связь с тюркским словом «аган» (старший брат, уважаемый человек). Она возможна, если фамилия возникла в среде крещёных татар или башкир, но здесь мешает суффикс -ий: в татарских фамилиях скорее ждали бы Аганов. К тому же в Поволжье и на Урале Аганиевы почти не фиксируются, а вот в армянских общинах Ростовской области, Ставрополья и Краснодарского края — да.

В бытовом плане носитель фамилии Аганиев — скорее всего, потомок армянина, которого в русской среде называли Аганием: по имени отца, деда или по прозвищу, данному при крещении или переходе в православие. Социальный слой — мещане, купцы, реже духовенство. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Небольшая деталь: в некоторых дореволюционных записях встречается написание «Аганiевъ» — через i десятеричное. Это не ошибка, а старая орфография, которая не влияет на произношение, но помогает отличить фамилию от ошибочного прочтения «Аганеев» (с ударением на второй слог). Правильное ударение — на второй слог: АгАниев.