Фамилия Аганитов — редкая, но её происхождение прослеживается достаточно ясно. В её основе лежит крестильное имя Аганит, которое восходит к греческому «аганос» (добрый, славный) или напрямую к «аганит» (ἀγανός) — кроткий, милостивый. Имя Аганит встречается в святцах, хотя и нечасто; в церковной среде его давали преимущественно монашествующим или людям из духовного сословия.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: Аганит → Аганитов, то есть «сын Аганита». Такая форма закрепилась в XV–XVII веках, когда фамилии на -ов/-ев получали в основном крестьяне, посадские и мелкие служилые люди. Дворянские и княжеские роды тоже использовали этот суффикс, но реже, хотя он не был строго сословным.

Интересная деталь: в отличие от более массовых фамилий на -ин (Аганин, Агашин), форма на -ов сохранила архаичное окончание. Это может говорить о более раннем закреплении прозвища или о том, что имя Аганит бытовало в среде, где не было смягчения основы. Возможно, предок носителя фамилии был либо священником, либо крестьянином, получившим имя в честь святого Аганита — такие имена давали по святцам, а не в быту.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России. В дореволюционных метриках Аганитовы встречаются в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Вариант с ударением на второй слог — Аганитов — характерен для южнорусских говоров.

Сегодня фамилия встречается редко, в основном в России и странах бывшего СССР. Носителей — не более нескольких сотен. В открытых источниках нет известных исторических личностей с этой фамилией, что делает её типичным примером «малой» фамилии, сохранившей память о редком церковном имени.