Фамилия Аганитов — редкая, но прозрачная по происхождению. Она образована от крестильного имени Аганит. В основе лежит греческое «аганос» — «добрый», «славный», либо напрямую от «аганит» (ἀγανός) — «кроткий», «милостивый». Имя Аганит встречается в святцах, хотя и не часто; носителями были преимущественно монашествующие или люди из духовного сословия.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: Аганит → Аганитов, то есть «сын Аганита». Такая форма закрепилась в XV–XVII веках, когда фамилии на -ов/-ев получали в основном крестьяне, посадские и мелкие служилые люди. Дворянские и княжеские роды в той же массе использовали суффикс -ов реже, но он не был строго сословным.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России. В дореволюционных метриках Аганитовы встречаются в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Встречается вариант Аганитов — с ударением на второй слог, что характерно для южнорусских говоров.

Интересная деталь: в отличие от более массовых фамилий на -ин (Аганин, Агашин), форма на -ов сохранила архаичное окончание, что может говорить о более раннем закреплении прозвища или о том, что имя Аганит бытовало в среде, где не было смягчения основы. Возможно, предок носителя фамилии был либо священником, либо крестьянином, получившим имя в честь святого Аганита — такие имена давали по святцам, а не в быту.

Сегодня фамилия встречается редко, в основном в России и странах бывшего СССР. Носителей — не более нескольких сотен. В открытых источниках нет известных исторических личностей с этой фамилией, что делает её типичным примером «малой» фамилии, сохранившей память о редком церковном имени.