Фамилия Агапитова образована от крестильного мужского имени Агапий, которое в переводе с греческого означает «любимый». В русской традиции имя бытовало в нескольких формах: полная церковная — Агапий, более распространённая обиходная — Агапит, а также краткая — Агап. В основе фамилии лежит именно форма Агапит, а суффикс -ов указывает на принадлежность: Агапитова буквально значит «дочь (или жена) Агапита».

С этим именем связана одна из самых известных фигур древнерусской истории — преподобный Агапит Печерский, безмездный врач XI века. Согласно летописям, он исцелил Владимира Мономаха, страдавшего тяжкой болезнью, которого до того безуспешно пользовал армянский врач. Этот эпизод не просто любопытная деталь: он показывает, что имя Агапит было на слуху в Древней Руси, а его носители ассоциировались с врачеванием и духовным подвигом. Поэтому предок современных Агапитовых мог быть не только человеком, носившим это имя по святцам, но и потомком тех, кто чтил память именно этого святого.

Фамилия Агапитова — сравнительно редкая, с ярко выраженной крестильной основой. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, она напрямую указывает на личное имя предка. Встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, где были распространены полные формы канонических имён.