Фамилия Агапитов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Агапитов послужило церковное имя Агапий. Фамилия Агапитов восходит к крестильному мужскому имени Агапий (фонетические варианты – Агапит, Агап), которое в переводе с греческого означает «любимый». Он же исцелил Владимира Мономаха, страдавшего весьма тяжкой болезнью, которого пользовал армянский врач без малейшего успеха. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Агапий, со временем получил фамилию Агапитов. О точном месте и времени возникновения фамилии Агапитов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Агапитов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.