Фамилия Агаян — армянского происхождения. В основе лежит мужское имя Ага, которое в переводе на русский означает «горный». Сама фамилия образована по типичной для армянской ономастики модели с патронимическим суффиксом -ян, указывающим на принадлежность к роду или клану (в армянском языке «азганун» — имя клана). Таким образом, Агаян буквально значит «потомок Аги» или «из рода горцев».

Географически фамилия распространена в основном среди армян, исторически связанных с регионами Восточной Армении и Закавказья. Встречается и в диаспоре, особенно в общинах, сформировавшихся после событий конца XIX — начала XX века.

Самый известный носитель фамилии — Лазарь Степанович Агаян (1840–1911), армянский писатель и педагог. Он окончил Тифлисскую армянскую семинарию, а затем по настоянию приятелей уехал в Петербург, где работал наборщиком в типографии Академии наук. В 1867 году Агаян вернулся в Тифлис и полностью посвятил себя литературе и преподаванию. Он известен как романист, детский писатель и собиратель армянского фольклора. Среди его произведений — «Арутюн и Манвел», «Две сестры», «Анаид», «Арег Назан», «Кор-Оглы». Его деятельность пришлась на период подъёма национальной армянской литературы и просвещения, и фамилия Агаян прочно ассоциируется с этим культурным движением.

При разборе фамилии стоит обратить внимание на её словообразовательную модель. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, -ин, армянский суффикс -ян не указывает на сословную принадлежность — его носили и крестьяне, и дворяне, и духовенство. Это универсальный показатель армянского происхождения, который не даёт информации о социальном статусе предков, но чётко говорит об их этнической и языковой среде.