Фамилия Аксенцев — один из наглядных примеров того, как просторечная форма имени закрепилась в официальной фамилии. В основе лежит имя Аксен, которое в русской народной традиции возникло от канонического Авксентий (греч. «растущий», «увеличивающийся»). Церковное имя было длинным и непривычным для бытового общения, поэтому его сократили до короткого и звучного Аксен — точно так же, как Авдей стал Адейкой, а Евдоким — Докимом.

Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: Аксенцев — это «сын Аксена» или «человек из рода Аксена». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен, оканчивающихся на твердый согласный (сравните: Иванцев, Петровцев). Если бы имя звучало как Аксентий, фамилия скорее была бы Аксентьев, но народное произношение взяло верх.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных регионах России, где имя Авксентий было более употребительным среди крестьян и мещан. В дореволюционных метрических книгах можно найти варианты написания: Аксенцов (с заменой -ев на -ов под влиянием акающих говоров) и даже Аксенцевъ с твердым знаком на конце.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к растению «аксен» — такого слова в русском языке нет. Все версии, связывающие её с греческим «ксенос» (чужак), ошибочны: это чисто русская адаптация греческого имени через народную этимологию. Носители фамилии — потомки тех, кого в документах записывали как Аксена, а их дети уже получили фамилию по отцу.