Фамилия Алференков отталкивается от мужского имени Алфер — народной, обиходной формы церковного имени Елевферий. В переводе с греческого это имя означает «свободный». Чтобы понять, как строилась фамилия, стоит взглянуть на её концовку. Суффикс -енков типичен для южнорусских и белорусских земель: он указывает на происхождение от отца или деда. Полная цепочка выглядит так: Алфер → Алферёнок (сын или потомок Алфера) → Алференков. То есть предок носителя фамилии был, скорее всего, сыном человека по имени Алфер, а сама фамилия закрепилась в тех краях, где была распространена уменьшительная форма имени с суффиксом -ёнок.

Имя Елевферий, от которого произошёл Алфер, в православной традиции носили несколько святых. Среди них — священномученик Елевферий иерей (память 24 апреля) и мученик Елевферий диакон (16 октября). В просторечии имя быстро сократилось и обросло вариантами: Алфер, Олфер, Алфим — все они дали начало разным фамилиям. Алференков стоит в одном ряду с Алферовым, Алфертьевым и Алфимовым, но отличается именно региональным суффиксом -енков, который выдаёт его южнорусские корни.

В отличие от более распространённой фамилии Алферов, форма Алференков встречается реже и географически привязана к Курской, Орловской, Тульской и другим областям, где был распространён суффикс -енков. Это не дворянская фамилия — она сложилась в крестьянской или мещанской среде, где человека называли по отцу: «чей ты?» — «Алферёнков», то есть внук или сын Алфера. Со временем форма застыла, и буква «ё» в произношении сменилась на «е», что дало современное написание Алференков.