Фамилия Алференковы (в мужском варианте — Алференков) образована от народной формы крестильного имени Елевферий. В переводе с греческого это имя означает «свободный», и в русской традиции оно давалось в честь нескольких святых: священномученика Елевферия (память 24 апреля), мученика Елевферия-диакона (16 октября) и священномученика Елевферия (28 декабря). Со временем полное церковное имя в бытовой речи сократилось и упростилось до формы Алфер — через выпадение слогов и замену звуков, что характерно для народной этимологии.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её восточнославянское происхождение. Суффикс -енко (Алференко) типичен для украинской и белорусской ономастики и означает «сын» или «потомок». Первоначально так называли ребёнка: Алференко — «сын Алфера». Когда носители фамилии переселились в великорусские земли, фамилия обросла дополнительным типичным русским суффиксом -ов, что дало современный вариант Алференков. Такая двойная суффиксация — нередкое явление: она показывает, что фамилия прошла через разные региональные традиции именования.

В отличие от многих фамилий на -енко, которые остались в неизменном виде, Алференковы закрепились именно в форме с русским окончанием. Это может говорить о том, что род переселился на север или восток в эпоху активной колонизации земель, когда фамилии на -ов уже вытесняли южнорусские модели. Точное место и время возникновения фамилии сейчас установить сложно — процесс формирования фамилий у славян растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век, и редко фиксировался в документах на ранних этапах.

Редкость фамилии Алференковы делает её интересным объектом для генеалогического поиска: скорее всего, все современные носители восходят к одному общему предку, а не к нескольким независимым родам. Поиск по архивам стоит начинать с территорий современной Украины или Белоруссии, где фамилия могла звучать как Алференко, а затем искать её следы в южнорусских губерниях — Курской, Воронежской, Харьковской.