Фамилия Альона — редкий случай, когда женское имя стало основой для родового имени. В русской традиции фамилии почти всегда образовывали от мужских имён или прозвищ, но здесь исключение: в основе лежит просторечная форма имени Алёна, которое, в свою очередь, является народным вариантом церковного имени Елена.

Суффикс -а в конце фамилии указывает на то, что перед нами украинская или белорусская модель образования. В этих языках фамилии на -а нередко закреплялись в женском роде без изменения по падежам, как, например, Кривонос или Голова. Однако в русском контексте фамилия Альона могла возникнуть и иначе: её могли дать по матери, если она была главой семьи (вдова или единственная кормилица), или же по прозвищу, которое закрепилось за мужчиной. Например, мужчину в деревне могли прозвать Алёна за мягкий характер, любовь к порядку или даже в насмешку — и это прозвище перешло к детям.

Есть и другая, менее очевидная версия: фамилия могла произойти не от имени, а от топонима. В Польше, Беларуси и на западе Украины встречаются сёла и хутора с названием Алёна или Альона (от гидронима или личного имени). В таком случае предок был выходцем из этих мест, и фамилия указывала на его географическое происхождение.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский в ней нет. Это говорит о том, что носители фамилии Альона — скорее всего, выходцы из южных или западных регионов, где фамилии часто застывали в форме чистого имени или прозвища. Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её своеобразным маркером: если вы носитель этой фамилии, ваши предки, вероятно, жили в небольшом, замкнутом сообществе, где прозвище или материнское имя закрепилось без изменений на несколько поколений.