Фамилия Альшанин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, иноязычное прозвище. Самая вероятная версия выводит её из тюркского корня «алша» или «алчы» — «пегий», «пёстрый», «рябой». В тюркских языках так могли называть человека с необычным цветом лица, веснушками или просто непостоянным, «пёстрым» характером. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Альшанин буквально означает «сын Альшана» или «человек из рода Альшана», где Альшан — русифицированная форма тюркского прозвища.

Менее убедительная, но возможная версия связывает фамилию с гидронимом — названием реки. В бассейне Дона есть речка Альшанка, и житель её берегов мог получить прозвище Альшанин. Однако фамилии на -анин/-янин чаще указывают на принадлежность к городу или местности (дворянин, рязанец), а не к малой реке, поэтому эта гипотеза слабее.

Обратите внимание на суффикс: Альшан-ин, а не Альшан-ов. Это типично для фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а или -я (как Гришин, Ильин). В северных и центральных русских говорах -ин встречается чаще, чем на юге, что может указывать на исходное бытование фамилии в регионах с активными татаро-монгольскими контактами — например, в бывшем Казанском ханстве или на востоке Московской Руси. Фамилия осталась редкой: она не попала ни в массовые реестры дворянства, ни в списки крестьянских фамилий центральных губерний. Её носители, скорее всего, происходят из служилых татар или из обрусевших тюркских родов, которые в XVI–XVII веках получали поместья и постепенно теряли родовой язык, сохраняя прозвище в виде фамилии.