Фамилия Альшанников — один из тех случаев, когда за простым на слух звучанием скрывается неочевидная этимология. Внешне она напоминает типичные отчества на -ов от прозвищ, образованных от названий профессий или местности, но здесь есть нюанс: корень «альшан» не встречается в русском языке как самостоятельное слово. Это сразу подсказывает, что перед нами не прямое прозвище, а скорее производное, искажённое или заимствованное.

Самый правдоподобный путь происхождения — от топонима. В основе лежит название населённого пункта вроде Альшанка, Альшаны или Альшанники. Такие названия характерны для южнорусских и украинских земель (Курская, Воронежская, Харьковская области) и восходят к диалектному слову «альша» — ольха. В говорах «ольха» могла звучать как «альха», «альша», отсюда и ойконимы: село Альшанка, хутор Альшаны. Человек, выходец из такого места, получал прозвище Альшанник — «житель Альшанки» или «ольшаник», то есть тот, кто живёт у ольховой рощи. Суффикс -ник в прозвищах часто указывал на принадлежность к местности или роду занятий: ср. мельник, сапожник, но и березник, дубник — «живущий в берёзовом лесу». Таким образом, Альшанников буквально означает «сын Альшанника» или «потомок того, кто из Альшанки».

Вторая, менее вероятная версия — от слова «альшанник» как названия ольхового леса или заросли. В таком случае фамилия могла закрепиться за лесником или крестьянином, жившим в ольшанике. Однако на письме ольховый лес чаще называли «ольшаник», а не «альшанник», поэтому эта версия слабее, хотя фонетически возможна в акающих говорах.

Суффикс -ов в конце фамилии — стандартный русский патронимический формант, закрепившийся в XVI–XVII веках. Фамилия Альшанников — сравнительно редкая, не входит в число распространённых дворянских родов. Скорее всего, её носители были крестьянами или однодворцами из чернозёмных губерний. Поскольку основа прозрачно связана с географическим названием, а не с личным именем, фамилия не имеет вариантов с другим суффиксом (нет «Альшанниковых» или «Альшанниковских»), что указывает на её позднее оформление уже в рамках русской фамильной системы.