Фамилия Ананисшина — редкий случай, когда написание расходится с привычной логикой русских фамильных суффиксов. На слух она воспринимается как типичная «матронимическая» форма на -ишин (от женского имени или прозвища), но на письме мы видим двойное «с» и окончание -ина. Скорее всего, перед нами не ошибка переписчика, а устойчивое диалектное или канцелярское искажение фамилии Ананишин. Основа Ананис- возникла из-за твёрдого произношения имени Ананий в некоторых говорах: Ананис вместо Ананий. В русской традиции имя давали в честь святого Анании, одного из семидесяти апостолов, а восходит оно к древнееврейскому Ханания — «Яхве смилостивился».

Суффикс -ин в полной форме указывает на принадлежность: «чей?» — Ананисин, то есть сын или потомок Ананиса (просторечная форма имени). Удвоение «с» могло закрепиться в документах под влиянием написания фамилий вроде Анисимов или из-за того, что в местных говорах имя произносили с долгим согласным: Ана́ннис. Женское окончание -а не меняет сути: это та же фамилия в форме, закреплённой за женщиной. В русской традиции фамилии на -ин склоняются, и в быту женщину могли записать как Ананисшина, даже если мужчина в той же семье значился Ананисшин (с одним «с»).

Географически фамилия почти не встречается за пределами центральных и северных областей России, что косвенно подтверждает её происхождение от простонародного варианта имени, а не от книжного Ананий. Однокоренные фамилии — Ананьев, Ананин, Ананичев — образованы от той же основы, но по другим моделям. Ананисшина стоит особняком: она сохранила редкий фонетический след того, как в XIX веке крестьянские писцы записывали имя «на слух», не сверяясь с каноническим написанием.