Фамилия Ананкин образована от мужского крестильного имени Ананий, которое в переводе с древнееврейского означает «отмеченный милостью Божией». В основу фамилии легла не полная церковная форма, а её просторечный, бытовой вариант — Ананка. Такое усечение характерно для народной речевой традиции: полные имена часто сокращали в повседневном общении, и именно эти обиходные формы становились основой для фамилий.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ананкин буквально значит «чей-то?» — «сын Ананки» или «человек из семьи Ананки». Эта модель типична для русского Севера и центральных областей, где фамилии на -ин распространены шире, чем на юге и востоке. Скорее всего, основатель рода Ананкиных принадлежал к простому сословию — крестьянам или посадским людям, у которых в документах чаще фиксировали не полное имя, а его разговорную форму.

Однокоренные фамилии — Ананьев, Анашин, Анашкин — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Ананкин стоит в ряду тех фамилий, где исходное имя подверглось максимальному сокращению. Таким образом, потомок человека по прозвищу или обиходному имени Ананка со временем получил фамилию Ананкин.