Фамилия Андрунин — типичный пример русской «патронимической» модели, где суффикс -ин отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын такого-то». В данном случае — сын Андруни. Андруня — это народная, уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Андрей (с древнегреческого — «мужественный»). В русском языке такие формы образовывали с помощью суффиксов -ун-/-унь-: Андрей превращался в Андруню точно так же, как Иван — в Ванюню, а Пётр — в Петруню. Это не церковное, а обиходное имя, которое в документах XVII–XIX веков могло записываться и как самостоятельное, и как прозвище.

Именно суффикс -ин, а не южнорусский -ов/-ев, указывает на географию фамилии. Такая модель преобладала в северных и центральных губерниях России. Однако сама фамилия Андрунин встречается нечасто — её фиксируют преимущественно в Поволжье и на Урале. Редкость объясняется локальным бытованием прозвищной формы: Андруня не была повсеместным вариантом имени Андрей, поэтому и фамилия не получила широкого распространения. В переписных книгах XVIII века носители такой фамилии чаще всего оказывались крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами.

Изредка Андрунина пытаются связать с литовским oras («ветер») или украинским андрушка («вид груши»), но эти версии не выдерживают критики: словообразовательная модель фамилии — чисто русская, и её основа без натяжки сводится к каноническому имени. Единственное, что стоит учитывать, — в некоторых говорах Андруней могли прозвать не только Андрея, но и человека с характерной манерой речи или поведения, но это скорее исключение. Если ваши предки носили фамилию Андрунин, их родоначальника, скорее всего, звали в быту Андруней — обычное для своего времени прозвище-имя, не требующее сложных толкований.