Фамилия Аникей — одна из тех, что напрямую сохранили в себе полное имя предка, не добавив к нему ни суффикса, ни окончания. Это так называемая «полуименная» или «бессуффиксная» фамилия, образованная от канонической формы. В основе лежит крестильное имя Аникей, которое в православных святцах соответствует имени Иоанникий (греч. Ioannikios — «победитель» или «приносящий победу»). В народном произношении имя сильно упростилось: отпало начальное «Ио-», а сложное сочетание «-нник-» стянулось до «-ник-». Получилось Аникей — форма, которая в быту звучала естественнее, чем полный церковный вариант.

Такая модель образования фамилий (прямо от имени без добавления -ов, -ин или -ский) встречается нечасто и характерна в основном для простых сословий, особенно крестьян и мещан. Обычно её давали, когда хотели назвать человека по отцу, но не вводили притяжательный суффикс. Фамилия Аникей могла означать «сын Аникея» или просто «Аникей» — то есть прозвище или уличное имя, закрепившееся за родом. В документах XVI–XVII веков имя Аникей встречается довольно часто, особенно на Русском Севере и в Поволжье, где архаичные формы держались дольше.

Любопытная деталь: фамилия Аникей может быть и не единственной в своём роду. Если у одного и того же человека в документах писали «Аникей», а у его сына — «Аникеев», то это разные ветви одной семьи. Первая сохранила старую, более редкую форму, вторая пошла по более продуктивной модели с суффиксом. Поэтому носители фамилии Аникей, скорее всего, происходят из тех мест, где фамилии закрепились раньше, чем стала обязательной притяжательная форма на -ов.

С точки зрения социальной истории, Аникей — фамилия недворянская. В списках служилых людей или родословных книгах она не встречается. Её корни — в крестьянской или посадской среде, где имя отца могло стать фамилией без всяких изменений. По сути, это живое свидетельство того, как церковное имя, пройдя через народное произношение, превратилось в родовое прозвание, которое и сегодня звучит так же, как звучало четыреста лет назад.