Фамилия Аникитин — редкий вариант на фоне более распространённой Аникитин. Разница в одну букву, но она меняет модель образования. Если Аникитин — это «чей?» (сын Аникиты), то Аникитин, скорее всего, результат диалектного или канцелярского искажения. В русских говорах, особенно на Севере и в Поволжье, безударное «ы» после твёрдого согласного могло звучать как нечто среднее между «ы» и «и». Писарь, записывая фамилию на слух, легко ставил «и» вместо «ы» — так и возник Аникитин.

Основа та же, что у фамилии Аникитин: каноническое имя Иоанникий (от греческого «победа»). В быту оно сократилось до Аникита, а от него пошли производные: Аникин, Аничкин, Аникитин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Аникиты». Фамилия Аникитин — это та же самая модель, но с фонетическим сбоем на письме.

Географически Аникитин встречается реже, чем Аникитин, и чаще — в документах XIX века из Вятской, Пермской и Архангельской губерний. Там, где жили староверы и северные крестьяне, устная речь сильнее влияла на письменную фиксацию. Поэтому человек с такой фамилией, скорее всего, потомок крестьянина или ремесленника из русского Севера или Приуралья, чью фамилию записали не по книжному правилу, а как слышали.

В современных справочниках фамилию Аникитин нередко объединяют с Аникитиным, считая её вариантом написания. Но для носителя это принципиально: если в паспорте стоит «Аникитин», это не ошибка, а живой след народного произношения, закреплённый в официальном документе.