Фамилия Аникухин — редкий случай, когда суффикс рассказывает о происхождении больше, чем корень. В ней отчетливо видна модель, характерная для северных и сибирских говоров: суффикс -ихин. В литературном русском языке отчества и фамилии чаще образуются с помощью -ин (Аникин) или -ов (Аников). А вот -ихин — это диалектный вариант, который закрепился в фамилиях, особенно в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях и на Урале. По сути, Аникухин — то же самое, что и Аникин, но произнесенное по-народному: с утратой интервокального -к- и заменой суффикса.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Иоанникий (в бытовой форме Аникуха или Аникуша). Имя греческого происхождения, означает «победитель» или «непобедимый». В народе его переделали до коротких и удобных вариантов: Аника, Аникуха. Отсюда и пошла фамилия: «чей?» — Аникухин, то есть сын или потомок Аникухи.

Интересно, что фамилия Аникухин могла возникнуть и без прямого отчества, а как прозвище по имени главы семьи. В деревнях женщину или детей называли по мужу: «Аникухина жена», «Аникухины ребята». Со временем это прозвище закрепилось за всем родом и превратилось в фамилию. Встречается она редко, преимущественно в центральных и северных областях России, а также среди старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные формы имен и фамилий.

Написание с буквой «х» вместо «ш» (сравните с Аникушин) — еще одна примета северного говора, где звук «х» в суффиксе -ихин был нормой. Так что Аникухин — это не ошибка и не искажение, а живая диалектная черта, застывшая в фамилии.