Фамилия Аникухин интересна тем, что её суффикс говорит о происхождении едва ли не больше, чем корень. В ней закрепилась редкая для литературного языка модель на -ихин, характерная для северных и сибирских говоров. Вместо привычного «Аникин» или «Аников» здесь использован диалектный вариант, который чаще всего встречался в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях и на Урале. По сути, Аникухин — это то же самое, что и Аникин, но произнесённое по-народному: с утратой интервокального -к- и заменой суффикса.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Иоанникий (в переводе с греческого — «победитель» или «непобедимый»). В народе его переделали до коротких и удобных форм: Аника, Аникуха. Отсюда и пошла фамилия: «чей?» — Аникухин, то есть сын или потомок Аникухи. Важно, что фамилия могла возникнуть не только как прямое отчество, но и как прозвище по главе семьи. В деревнях говорили: «Аникухина жена», «Аникухины ребята», и со временем это прозвище закрепилось за всем родом.

Написание с буквой «х» вместо «ш» (сравните с фамилией Аникушин) — ещё одна примета северного говора, где звук «х» в суффиксе -ихин был нормой. Поэтому Аникухин — не ошибка и не искажение, а живая диалектная черта, застывшая в фамилии. Встречается она редко, преимущественно в центральных и северных областях России, а также среди старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные формы имён и фамилий.