Фамилия Анисферов произошла от крестильного имени Онисифор. В разговорной речи это имя дало несколько простонародных форм: Анисифор, Анцифер и, наконец, Анисфер. Именно этот упрощённый вариант и лёг в основу фамилии. Греческое слово, от которого образовано имя, означает «приносящий пользу». Сама фамилия строится по стандартной модели: к основе Анисфер прибавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Анисфера»). Такой способ образования типичен для большинства русских фамилий, возникших в среде крестьян и мещан в XV–XVII веках.

В православных святцах известно несколько святых с этим именем. Самый известный — апостол Онисифор, ученик апостола Павла. Его память отмечают 17 января и 20 сентября. Также почитаются преподобный Онисифор Печерский (11 октября и 22 ноября) и ещё один преподобный Онисифор (15 декабря). Наличие нескольких небесных покровителей делало имя популярным на Руси, что и привело к появлению множества однокоренных фамилий: Анисимов, Анисифоров, Анциферов.

Интересная деталь: написание «Анисферов» — более редкое по сравнению с «Анисифоров» или «Анциферов». Оно отражает местные говоры, где имя произносили бегло, «проглатывая» один слог. Поэтому носители фамилии Анисферов — это потомки человека, которого в быту звали не полным именем, а его сокращённой обиходной формой. Установить точную область, где возникла именно эта ветвь рода, сейчас сложно — процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий, и похожие варианты могли независимо появиться в разных губерниях.