Фамилия Анисиферова восходит к мужскому имени Анисифер — народной, разговорной форме канонического имени Онисифор. В переводе с греческого оно означает «полезный», «приносящий пользу». В святцах имя закрепилось в форме Онисифор, но в быту, особенно в крестьянской и посадской среде, оно часто звучало как Анисифер. Такая замена «о» на «а» в начале слова (так называемое аканье) — типичная черта русской народной речи, особенно для южных и центральных говоров.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Анисифер прибавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность — «сын Анисифера» или «из дома Анисифера». Окончание -а говорит о том, что перед нами женская форма фамилии (Анисиферова), но в истории рода, скорее всего, сначала появился мужской вариант Анисиферов. Основатель рода, носивший имя Анисифер, вероятно, был человеком простого звания: крестьянином, ремесленником или служилым человеком «по прибору». Фамилии на -ов у крестьян и горожан в центральной России массово закрепляются к XVII–XVIII векам, так что корни Анисиферовых стоит искать именно в этот период.

Интересно, что у имени Онисифор есть и другие народные варианты: Онисим, Анисим, Самсон (через переосмысление). Но Анисифер — отдельная ветвь, сохранившая полную основу с суффиксом -фер, который в греческом оригинале соответствует части «-форос» (несущий). Поэтому фамилия Анисиферова буквально означает «потомок того, кто несёт пользу». В отличие, например, от фамилии Анисимов (от Анисим), Анисиферова — более редкая и архаичная по звучанию форма, что делает её ценной для историка фамилий: она сохранила живое произношение имени, которое почти вышло из обихода.