Фамилия Анисифорова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Анисифоров. Её корень — редкое каноническое имя Онисифор (в бытовом произношении Анисифор). В святцах это имя греческого происхождения, означающее «приносящий пользу» или «полезный». Носителей этого имени в истории русской церкви немного, самое известное — апостол Онисифор, ученик апостола Павла.

Модель образования типична для русского Севера и центральных областей: суффикс -ов- указывает на принадлежность. Анисифоров буквально означает «сын Анисифора» или «человек из рода Анисифора». В XVII–XVIII веках такие фамилии закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, реже — за духовенством, поскольку имя Онисифор было распространено именно в монашеской и церковной среде, но в народе его адаптировали как Анисифор.

Любопытная деталь: в переписных книгах XVII века фамилия встречается в двух написаниях — Анисифоров и Онисифоров. Второй вариант ближе к церковному произношению, но в быту победила форма с начальным «А», что говорит о сильном влиянии народной речи на закрепление фамилий. В современных справочниках фамилия Анисифорова фиксируется в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — зонах, где сохранялось старообрядческое влияние и архаичные имена.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Анисимов (от Онисим) встречается гораздо чаще, а Анисифоров остаётся редкой. По данным статистики, на всю Россию приходится не более нескольких тысяч носителей, что делает её почти уникальной. Предки современных Анисифоровых с высокой вероятностью были либо крестьянами-середняками, либо мелкими церковнослужителями — причетниками или дьячками, которые получали фамилию по имени отца-священника.