Основой фамилии Анисьин послужило церковное имя Онисий. Фамилия Анисьин образована от фонетического варианта крестильного имени Онисий–Анисий, которое в переводе с греческого языка означает «полезный». В истории православия известен один святой покровитель имени Онисий. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Анисий, со временем получил фамилию Анисьин.