Фамилия Анисьины — классический пример «отчества в третьем поколении», где суффикс -ин указывает на прямую принадлежность: «чей?» — «Анисьин», то есть сын, внук или человек из семьи Анисия. В основе лежит разговорная форма крестильного имени Онисий (через «акающее» произношение — Анисий). Греческое Ὀνήσιμος (Онисим) означает «полезный», но в русской традиции имя закрепилось именно в варианте Онисий, а фамилия пошла от его бытового звучания Анисий.

В православных святцах известен мученик Онисий, пострадавший за веру в III веке, — его память приходится на 15 (28) июля. Однако фамилия Анисьины не обязательно восходит напрямую к этому святому: имя было ходовым в крестьянской и купеческой среде, и фамилию могли дать в любом регионе, где крестили мальчиков Анисиями.

Главная особенность — нестандартная финаль -ыны (а не стандартное -ин). Обычно множественное число фамилий на -ин пишется через «ы»: Анисьины, а не Анисьины. Это указывает либо на позднюю фиксацию фамилии в документах, либо на то, что родоначальник именовался Анисья (женский вариант имени), что реже, но встречается в северных говорах. Впрочем, версия с мужским именем Анисий надёжнее: суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я, и форма Анисьин — единственно верная с точки зрения русской грамматики.

Географически фамилия Анисьины наиболее типична для центральных и северных областей России — Архангельской, Вологодской, Костромской губерний, где «аканье» было нормой, а имя Анисий встречалось часто. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким отчеством, но единого «родового гнезда» у фамилии нет.

Из однокоренных фамилий — Анисимов (самая частотная), Онисимов, Аниськин, Анисёнков. Анисьины стоят особняком: суффикс -ин вместо -ов говорит о том, что основа воспринималась как слово женского рода (Анисья), хотя в действительности это мог быть просто фонетический вариант. Спор между версиями «от Анисия» и «от Анисьи» разрешается в пользу первой: в документах XIX века форма Анисьин последовательно соотносится с мужским именем.