Фамилия Аниськины — одна из тех, где за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. В её основе лежит имя Аниська, а оно, в свою очередь, — это обиходная, «домашняя» форма нескольких крестильных имён. Чаще всего так называли мальчиков, получивших при крещении имя Онисий (в переводе с греческого — «полезный») или Онисим (с тем же значением). Реже, но тоже вероятно, что в основе лежит имя Онисифор — «приносящий пользу». В народной речи начальное «о» нередко переходило в «а», поэтому Ониська превращался в Аниську, и эта форма закреплялась в документах.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Аниськин буквально значит «сын Аниськи» или «из семьи Аниськи». Такая модель образования — одна из самых распространённых в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин часто вытесняли более южные варианты на -ов. Поэтому, хотя точное место возникновения фамилии сейчас назвать сложно, можно предположить, что её корни — где-то в зоне смешения московских и новгородских говоров.

Интересно, что у имени-основы несколько небесных покровителей: в святцах значатся шесть святых с именем Онисим, четыре — с именем Онисифор и один — с именем Онисий. Это значит, что именины у разных носителей фамилии могли приходиться на разные даты, в зависимости от того, в честь какого святого был крещён их предок.

В дореволюционных переписях фамилия Аниськин чаще всего встречалась среди крестьян и мещан. Встречаются и варианты написания через «я» — Аниськины, а также родственные фамилии: Анисимов, Анисьин, Ониськин. Все они вышли из одного гнезда, но разошлись по разным ветвям из-за местных произносительных норм и ошибок писарей.