Фамилия Аниськова — одна из тех, что прямо указывает на имя предка. В основе лежит уменьшительная форма Аниська, которая восходит к двум разным, но похожим по звучанию церковным именам. Первое и самое вероятное — Онисим (в переводе с греческого «полезный»). Второе — более редкое Анисий («исполнение, завершение»). В народе оба имени часто сливались в произношении, и от них одинаково легко образовывалась форма Аниська.

Принадлежность фамилии к модели на -ов/-ев типична для русского Севера и центральных областей: такие фамилии чаще всего получали крестьяне и посадские люди. Скорее всего, основатель рода Аниськовых не принадлежал к знати: в документах XVI–XVII веков носители имени Аниська встречаются среди крестьян, ремесленников и служилых людей «по прибору». Выходец из рабочей или крестьянской среды — самая естественная среда для такой фамилии.

Интересная деталь: в переписных книгах XVII века можно встретить написание «Ониська» и «Аниська» как варианты одного имени. Фамилия Аниськова могла закрепиться в том регионе, где акающее произношение (а вместо о) стало нормой ещё до того, как имя записали в окончательной форме.

Таким образом, значение фамилии прозрачно: Аниськова — «дочь (или жена) Аниськи», а в родовом смысле — «принадлежащая к роду Аниськи». Двойная этимология не делает фамилию спорной: оба имени (Онисим и Анисий) давали одну и ту же народную форму.