Основой фамилии Аниськин послужило церковное имя Онисий или Онисифор. Аниська — вариант крестильного имени Онисий, Онисим (оба имени в переводе с греческого означают «полезный») или Онисифор (от греческого «приносящий пользу»). В истории православия известен один святой покровитель имени Онисий, шесть — имени Онисим и четыре — Онисифор. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Аниська, со временем получил фамилию Аниськин.