Основой фамилии Аниськов послужило церковное имя Онисим. Мужское крестильное имя Онисим в переводе с греческого означает «полезный». В основу фамилии легла производная форма имени — Аниська. Согласно другой гипотезе, фамилия Аниськов образована от производной формы мужского крестильного имени Анисий («исполнение, завершение») - Аниська. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Аниська, со временем получил фамилию Аниськов.