Фамилия Аниськина — женская форма русской фамилии, образованной от мужского имени или прозвища Аниська. В основе лежит суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Аниськин, то есть сын или дочь Аниськи.

Само имя Аниська — это народная, обиходная форма двух разных церковных имён. Основная версия связывает её с именем Онисим (в переводе с греческого — «полезный»). В русском языке имя Онисим дало множество уменьшительных вариантов: Ониска, Аниска, Аниська. Фамилия Аниськина, таким образом, могла означать «потомок Онисима».

Вторая, менее распространённая гипотеза возводит основу к имени Анисий (греч. «исполнение, завершение»). От него также образовывали краткую форму Аниська. Различить, от какого именно полного имени произошла конкретная фамилия, без генеалогических записей невозможно — оба имени были в ходу, и их уменьшительные формы совпали.

Суффикс -ин в фамилиях этого типа указывает на бытовую, недворянскую среду. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто носили и крестьяне, и служилые люди, фамилии на -ин в центральных и северных губерниях России были особенно характерны для крестьян и посадских. Скорее всего, основатель рода Аниськиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды, а сама фамилия закрепилась в той форме, в которой человека называли в быту — по имени отца, Аниськи.

Географически фамилия Аниськина встречается в разных регионах, но чаще — в областях, где были распространены «окающие» говоры, сохранявшие начальное «а» в именах (Аниська вместо Ониська). Это отличает её, например, от однокоренной фамилии Ониськин, которая закрепилась в «екающих» регионах.