Фамилия Анискин образована от имени Аниска — просторечной, обиходной формы крестильного мужского имени Онисим. Само имя Онисим пришло на Русь из греческого языка и означает «полезный». Но в истории фамилии важнее другое: в русских говорах, особенно в тех, где господствовало «аканье», начальное «о» в имени постепенно заменилось на «а» — так Онисим превратился в Анисима. А от Анисима пошли уменьшительные и бытовые варианты, один из которых — Аниска — и лёг в основу фамилии.

Суффикс -ин в фамилии Анискин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Анискин, то есть сын или потомок Аниски. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В ономастике это называют «посессивным суффиксом», и он один из самых распространённых в северной и центральной России.

Интересно, что имя Онисим со временем дало и самостоятельную форму Анисий, которую народная этимология иногда связывала со словом «анис» или даже с греческим «исполнение, завершение», но это вторичное осмысление. Первичная связь фамилии — именно с «полезным» Онисимом через «акающий» говор и уменьшительное Аниска.

Фамилия Анискин встречается в основном в центральных и поволжских областях России, где акающие говоры были особенно сильны. По социальному составу её носители чаще всего были крестьянами или мещанами — фамилия недворянская, массовая, что подтверждается её частотностью в переписных книгах XVIII–XIX веков. Если искать однокоренные фамилии, то к тому же корню восходят Анисимов, Анисин, Онисимов — все они «родственники» по имени-основе, но разошлись по разным суффиксальным моделям.