Фамилия Анисяева — женская форма, её мужской вариант Анисяев образован по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ев. Этот суффикс указывает на принадлежность: Анисяев буквально означает «сын Анисяя» или «из семьи Анисяя». Основа фамилии — каноническое крестильное имя Онисий (в просторечии Анисий), которое восходит к греческому Onesimos, то есть «полезный», «благотворный». В православных святцах это имя носил апостол Онисим, ученик Павла, поэтому оно было широко распространено на Руси.

В народном произношении имя Онисий часто теряло начальное «о» и звучало как Анисей, Анисяй. От этой обиходной, ласкательно-просторечной формы и пошла фамилия. Интересно, что в русских говорах слово «анис» ассоциировалось с растением (анис обыкновенный), и фамилию могли случайно переосмыслить как «травяную», но лингвистически это вторичное сближение: корень всё-таки от имени, а не от пряности.

Географически фамилия Анисяев/Анисяева встречается редко, рассеяна в центральных и южных регионах России, особенно в Поволжье и на бывших территориях Рязанской губернии. Там имя Анисий фиксировалось в переписных книгах XVII–XVIII веков. Сословно носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами — типичная «патронимическая» фамилия, закрепившаяся в среде, где отчество перешло в наследственное прозвание.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Анисимов, Аниськин, Анисин — показывает, что Анисяев стоит особняком. Суффикс -ев присоединён к основе на -яй, что встречается реже, чем стандартное -ов к полной форме имени. Это говорит о том, что предок носителя фамилии в быту звался именно Анисяй, а не Онисим или Анисим. Такая деталь — ценный ключ к диалекту и уровню грамотности той среды, где фамилия возникла: она закрепилась в речи людей, которые использовали упрощённые, разговорные варианты имён, а не книжные церковные формы.