Фамилия Антаненков — редкий случай, когда основа не очевидна на первый взгляд. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ов, остаётся корень Антаненк-. Такое окончание -енк(о) сразу выдаёт украинское или белорусское происхождение основы: в этих языках суффикс -енк(о) образует уменьшительные или патронимические формы (буквально «маленький Антан» или «сын Антана»). А сам Антан — это просторечный, народный вариант канонического имени Антон (от латинского Antonius). Таким образом, Антаненков — это «русифицированный» вариант украинской фамилии Антаненко: когда носитель переселился в великорусские губернии, окончание -о переделали на -ов, подогнав под привычную модель.

Интересно, что на украинской почве имя Антон могло звучать и как Антін, но форма Антан характерна для юго-западных говоров — возможно, из польского или белорусского влияния. В польском языке есть имя Antoni, а уменьшительное Antanek — прямое соответствие нашему Антаненко. Так что предок носителя фамилии, скорее всего, был из тех краёв, где граница между украинским, белорусским и польским влиянием размыта: например, с территории современной Гродненской или Волынской области.

С точки зрения социальной истории, фамилии на -енко в XVII–XVIII веках были массово распространены среди казачества и крестьянства Левобережной Украины. Антаненков — это, по сути, потомок того самого «Антаненка», который, перейдя на русскую службу или переселившись в центральные губернии, сменил фамильное окончание. Географически фамилия сегодня встречается преимущественно в Смоленской, Брянской и Калужской областях — то есть как раз в зоне исторического контакта украинского и русского населения.

Есть и более прозаическая версия: суффикс -енков мог появиться на русской почве сразу, без украинского посредника. В некоторых диалектах существовала модель образования фамилий от прозвищ с помощью -енок/-онок (как Жеребёнок → Жеребёнков). Тогда Антаненков — это «сын Антанёнка», то есть маленького Антона. Но эта гипотеза менее вероятна: форма Антан, а не Антон, всё же тянет к западнорусским или малороссийским говорам.