Фамилия Ануфрина — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, образованное от мужского имени Ануфрий. В основе лежит каноническое имя Онуфрий, которое пришло на Русь из греческого языка и означало «святой», «благочестивый». В народной речи имя претерпело фонетические изменения: начальный гласный «о» перешёл в «а» (явление аканья), а сочетание «нф» упростилось до «н» — так возникла форма Ануфрий. Соответственно, «Ануфрин» — это «сын Ануфрия» или «человек из рода Ануфрия».

Интересная деталь: фамилия Ануфрина встречается в двух вариантах ударения — на первый слог (А́нуфрина) и на второй (Ану́фрина). В первом случае ударение падает на корень, что характерно для северных говоров, где имя произносили как А́нуфрий. Во втором случае ударение смещено на суффикс, что типично для южнорусских и среднерусских диалектов. Таким образом, по ударению можно предположить, откуда родом конкретный носитель фамилии.

Среди однокоренных фамилий — Ануфриев, Онуфриев, Онуфрин. Разница в суффиксе: -ев/-ов добавляется к основам, оканчивающимся на согласный или мягкий знак, а -ин — к основам на -а/-я. Имя Онуфрий давало форму Онуфриев, а народное Ануфрий — Ануфрин. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Онуфринских, что указывает на топонимическое происхождение — от названия деревни, где жили потомки Онуфрия.

Социальный состав носителей фамилии был разнородным. В переписных книгах XVII века Ануфрины фиксируются среди крестьян и посадских людей центральных уездов России. В XIX веке фамилия встречается у мещан и купцов, особенно на Урале и в Сибири, куда переселялись крестьяне из центра. Редкая дворянская ветвь Ануфриных известна по Тверской губернии, но её происхождение связано с помещичьими крестьянами, получившими вольную.

Сегодня фамилия Ануфрина нечастотна, но неравномерно распространена по стране: заметные очаги — в Вологодской, Архангельской областях и в Забайкалье. В Москве и Петербурге носителей мало.