Фамилия Апалковы образована от прозвища или мирского имени Апал. Сама конструкция фамилии — это отчество второго порядка: Апалков буквально означает «сын Апалко», а Апалко — это уменьшительная форма от Апал. Такой способ образования («дедово имя») типичен для русских фамилий на -ов, которые закрепились в XVI–XVII веках.

Происхождение прозвища Апал неочевидно, и здесь возможны два основных объяснения. Первое отсылает к белорусскому слову «апал» — «тепло, отопление», родственному русскому глаголу «опалить». В этом случае прозвище мог получить человек, чья работа была связана с огнём: например, тот, кто опаливал шкуры или ткань, снимая верхний ворс. Второе, более простое объяснение: Апалом могли прозвать погорельца — того, у кого «опалило» дом. Прозвища по несчастным случаям или внешним приметам давали нередко, и такая версия не менее правдоподобна.

С точки зрения географии фамилия Апалковы встречается в основном на юге России и в Поволжье, что косвенно подтверждает её связь с южнорусскими и белорусскими говорами. В некоторых регионах фамилия могла закрепиться в форме Апалков, а в других — через диалектное аканье как Аполков, но написание через «а» стало нормативным.

Стоит обратить внимание на редкость суффиксальной цепочки: от Апал к Апалко и затем к Апалков. Модель «имя + -ко» характерна для украинского и белорусского имясловия (ср. Грицко, Иванко), что говорит о возможных западнорусских корнях предков. Таким образом, фамилия Апалковы — это не просто «сын Апала», а следствие смешения восточнославянских диалектов и традиций имянаречения.