Фамилия Апаракин — редкий случай, когда с первого взгляда понятен суффикс (-ин), указывающий на принадлежность «сын такого-то», но основа вызывает вопросы. В русских фамилиях на -ин обычно лежат основы на -а/-я: от имён (Иван — Иванов, но Фома — Фомин, Илья — Ильин) или прозвищ (Косой — Косин). Апаракин — не исключение, но исходное слово Апарака или Опарака в современных словарях не встречается.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «апаракать» или «опаракать». В северных и сибирских говорах это слово означало «ударить», «хлестнуть», «стукнуть». Прозвище Апарака могли дать человеку с резким, несдержанным нравом, который мог и рукой махнуть, или, наоборот, тому, кто работал с молотом, колуном — плотнику, кузнецу, дровосеку. Суффикс -а в прозвище типичен для русской народной антропонимии (ср. Молчака, Гуляка, Заика).

Менее убедительна гипотеза о связи с тюркским «апар» — «пчела» или «апары» — «родственники». Во-первых, фамилия Апаракин географически тяготеет к исконно русским областям (Вологодчина, Архангельская земля, Вятка), где тюркское влияние слабое. Во-вторых, модель с суффиксом -ин от тюркской основы дала бы форму Апарин, а не Апаракин. Лишнее «ак» в середине — явный признак русского прозвищного суффикса -ак- (Апарак + ин), который вносит оттенок фамильярности или уменьшительности.

С точки зрения словообразования фамилия прошла два этапа: сначала от глагольного корня появилось прозвище Апарака (с суффиксом -ак-), затем от него через притяжательный суффикс -ин образовалась фамилия. Такая модель (Толмака — Толмакин, Балака — Балакин) встречается, но реже, чем стандартные патронимы, что и делает Апаракина заметным исключением в списке русских фамилий.