Фамилия Апарина — это фонетический вариант более распространённой фамилии Опарина. Разница в первой букве объясняется аканьем: в южнорусских и некоторых среднерусских говорах безударное «о» произносили как «а», и на письме это закрепилось. Поэтому обе формы, Опарина и Апарина, по сути однофамильцы.

В основе фамилии лежит прозвище Опара. В старину так могли назвать полного, рыхлого человека — по аналогии с поднимающимся тестом. Сравнение с опарой, «бродящим на дрожжах тестом», было наглядным и нередким. Была даже поговорка: «Та же опара, да другой кисель», то есть всё зависит от мастера. Отсюда и вторая, профессиональная версия: прозвище Опара мог получить повар или булочник, человек, который постоянно работал с тестом.

Фамилия Опарина (а значит, и Апарина) довольно древняя. В трудах историка С. Б. Веселовского упоминаются Потеха Иванович Опарин (1599 год) и крестьянин Иван Опара (1643 год). Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Опары, потомок человека с таким прозвищем. Таким образом, Апарины — это род, ведущий начало от человека, которого в быту называли либо за внешность, либо за ремесло, связанное с хлебом.