Фамилия Апаринов начинается с корня, который в современном языке почти не встречается, но в русских говорах, особенно на юге и западе, слово «апарый» означало «вялый», «ленивый», «медлительный». Человека с таким характером или неспешной, развалистой походкой могли прозвать Апарым. От этого прозвища по простой модели — Апарый → Апарин (чей сын) → Апаринов — и образовалась фамилия. Суффикс «-ин» здесь закономерен, так как основа оканчивается на мягкий согласный; вариант с «-ов» был бы неестественным для такого корня.

Форма Апаринов с двойным суффиксом — это результат «достраивания» фамилии в документах XIX века, особенно при переписях крестьян и однодворцев. Удлинение делало фамилию более официальной на бумаге, хотя в быту человека могли записать и просто как Апарин. Такое явление характерно для народных, недворянских фамилий: их не фиксировали в боярских списках, и они складывались стихийно, часто получая добавочные суффиксы при паспортизации.

Географически фамилия тяготеет к Курской, Воронежской, Ростовской областям — там слово «апарый» было в ходу, и фамилия встречается до сих пор, хоть и редко. В северных говорах этот корень не зафиксирован, что подтверждает её южнорусское происхождение. Иногда фамилию пытаются связать с тюркским «апа» — старшая сестра или мать, но для русской фамилии с суффиксом «-ин» это маловероятно: прозвище от женского родства в крестьянской среде почти не давало фамилий, а если бы и дало, то скорее в форме Апин или Апаев.

Ещё одна народная версия — связь с глаголом «парить» (варить на пару), мол, «апарый» — это «разваренный», вялый как вареник. Лингвистически она менее убедительна, но как бытовое объяснение могла бытовать в тех же южных областях. В любом случае, предки Апариновых — скорее всего, крестьяне или однодворцы, и фамилия их не возвышала, а просто фиксировала бытовую черту: «вон тот, медлительный Апарый». Никаких дворянских родов с этой фамилией не известно.