Фамилия Апариня — фонетический вариант более распространённой фамилии Опариня, а та, в свою очередь, образована от прозвища Опара. Чередование начальных «а» и «о» в русских фамилиях встречается часто: в говорах с аканьем безударное «о» произносили как «а», а на письме это закреплялось по-разному. Поэтому Апариня и Опариня — по сути одна фамилия в разном написании.

Прозвище Опара имеет два основных значения. Первое, самое прямое: так могли назвать полного, рыхлого человека — по аналогии с поднявшимся дрожжевым тестом. Второе, профессиональное: повара или булочника, работающего с опарой. В пользу обеих версий говорит старая поговорка «Та же опара, да другой кисель», которая подчёркивает, что всё зависит от мастера. Значит, прозвище могло относиться и к внешности, и к ремеслу.

Суффикс -ин- в фамилии (основа Опар- + -ин + -я) указывает на принадлежность: Опариня — «жена Опары» или «дочь Опары», а в некоторых северных говорах — вообще «человек из семьи Опары». Окончание -я вместо привычного -а — особенность, характерная для некоторых русских диалектов: так могли произносить фамилии в быту, и это написание закрепилось в документах.

Прозвище Опара фиксируется в русских писцовых книгах XVI–XVII веков, особенно в северных и центральных уездах. Со временем прозвище полностью вытеснило крестильное имя в повседневном обиходе и перешло в наследственную фамилию. Фамилия Апариня — редкий письменный след того, как живое произношение повлияло на официальное оформление фамилий.