Фамилия Апатенко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках закрепилась в Поднепровье и Слобожанщине. Суффикс -енко указывал на родство по отцу: Апатенко буквально означало «сын Апата» или «маленький Апат». Со временем это патронимическое значение стерлось, и фамилия стала наследственной.

В основе фамилии лежит просторечная форма Апат от крестильного имени Ипатий. Имя Ипатий (греч. Hypatios — «высочайший») в русской и украинской традиции давалось в честь святых — например, священномученика Ипатия Гангрского. В быту греческое имя упростили до Апат: отпало начальное «и», а конечное «ий» редуцировалось. Такое усечение — обычное дело для украинской и южнорусской антропонимии (сравните: Игнатий — Гнат, Ипатий — Апат).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с греческим словом «апати» (apatē — обман, хитрость). Однако в ономастике принято считать, что прозвища, образованные от абстрактных понятий, встречаются реже, чем производные от календарных имён. К тому же форма Апат как раз легко выводится из Ипатия через типичное для украинского языка отпадение начального гласного.

Фамилия Апатенко распространена в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Поволжье. Носители фамилии — потомки того самого Апата, чьё имя, хоть и звучит сегодня необычно, триста-четыреста лет назад было обычным крестьянским прозвищем.