Фамилия Апатенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Ипатий. Мужское крестильное имя Ипатий в переводе с греческого означает «высочайший». В основу же фамилии Апатенко легла его просторечная форма - Апат. Поэтому Апатенко буквально понималось как «сын Апата».