Фамилия Апатин образована от личного имени Апатя — просторечной, усечённой формы крестильного имени Ипатий. В греческом языке Ипатий (Hypatios) означает «высочайший» или «верховный». Это имя было распространено в православной среде, особенно среди духовенства, поскольку его носили несколько раннехристианских святых. В бытовой речи имя Ипатий сократили до Апати, а затем и до Апатя — так появилось прозвище, которое закрепилось за главой семьи и перешло к детям.

Модель образования фамилии проста: к основе Апат- добавлен типичный русский суффикс принадлежности -ин. Такая форма указывает на прямое родство: «чей?» — Апатин, то есть сын или потомок Апати. Это одна из самых распространённых словообразовательных моделей в восточнославянской антропонимике, характерная для крестьянских и мещанских фамилий центральной России.

Интересно, что фамилия Апатин встречается не только в русском ареале. В Сербии и Хорватии существует топоним Апатин — город на Дунае, и местные жители могли получить фамилию по месту происхождения. Однако для носителей фамилии из России и Украины более вероятно объяснение через имя Ипатий. Спор здесь решается географией: если предки родом из южнославянских земель, версия с топонимом правдоподобнее; если из центральной России — почти наверняка перед нами потомок Апати.

Фамилия редкая, в списках частотных русских фамилий она не фигурирует. В дореволюционных источниках Апатины встречаются в основном в Тверской и Ярославской губерниях. Суффикс -ин в этих краях был нормой для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Сравните с однокоренными фамилиями Ипатов, Ипатьев — они образованы от той же основы, но через полную форму имени Ипат или Ипатий. Апатин же стоит в ряду таких же «урезанных» вариантов, как Агапин (от Агапий) или Антипин (от Антипа).