Фамилия Апатина образована от просторечного имени Апатя — одной из народных форм крестильного имени Ипатий. В переводе с греческого Ипатий означает «высочайший». Имя это в святцах встречалось нечасто, поэтому в быту его нередко переделывали на русский лад: отбрасывали начальное «и» и добавляли уменьшительный суффикс «-атя». Так Ипатий превращался в Апатю, а его дети и внуки становились Апатиными.

Форма Апатина — женская, но в русской традиции она закрепилась и за мужчинами через склонение (Апатин — Апатина). В основе лежит суффикс «-ин», который указывает на принадлежность: «чей?» — Апатин, то есть сын или потомок Апати. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где прозвища и нецерковные имена давали по отцу.

Скорее всего, основатель рода Апатиных был человеком простого звания — крестьянином или ремесленником. Имя Апатя не встречается в дворянских родословных, а фамилия не получила широкого географического распространения. Это редкая патронимическая фамилия, сохранившая след народной переработки греческого канонического имени.