Фамилия Апатова происходит от имени Апат, которое является просторечной формой крестильного имени Ипатий. В переводе с греческого оно означает «высочайший». Скорее всего, основатель рода Апатовых был человеком из простого сословия. По другой версии, фамилия Апатова имеет еврейское происхождение и ведет свое начало от аналогичного прозвища. В его основе лежит топоним Опатов (Апт на идиш) – такое название носит город в Свентокшиском воеводстве Польши. Соответственно, предок Апатовых мог быть уроженцем Опатова. Таким образом, потомок человека, которого звали Апат, со временем получил фамилию Апатова.