Фамилия Апатенков — наглядный пример того, как диалектное произношение и словообразовательные модели разных языков закрепляются в официальном родовом имени. В её основе лежит не личное имя, а прозвище «опатой» или «апатой»: в южнорусских и украинских говорах так называли человека с большими, оттопыренными ушами, то есть лопоухого. Слово «опатой» зафиксировано в словаре Даля, и сегодня оно почти вышло из употребления — фамилия Апатенков остаётся одним из немногих следов этого редкого прозвища.

Сначала от прозвища образовали украинскую или южнорусскую форму с суффиксом -енк-: Опатенко. Этот суффикс в антропонимии тех земель указывал на уменьшительность или на принадлежность («чей сын?» — Опатенко, то есть сын Опатого). Позже, когда носители фамилии оказались в среде русских говоров, к основе добавили типичный русский суффикс -ов, который буквально значит «чей?» — сын Апатенка. Так появилась фамилия Апатенков.

Первая буква изменилась под влиянием аканья: безударное «о» в русских говорах произносили как «а», и это произношение закрепилось на письме. Изначально фамилия могла бы звучать как Опатенков, но в документах она зафиксировалась в акающем варианте. Цепочка преобразований выглядит так: прозвище Опатой → Опатенко (сын или маленький Опатой) → Апатенко → Апатенков.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине — к Курской, Воронежской губерниям и слобожанским землям, где смешивались русские и украинские говоры. Встречается она нечасто, и это делает её ценной для генеалогического поиска: в отличие от распространённых Ивановых или Кузнецовых, Апатенковы имеют прозрачную и узкую локализацию. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был крестьянином или ремесленником из тех краёв, а его внешность — оттопыренные уши — дала прозвище, которое через несколько столетий превратилось в официальную фамилию.