Фамилия Апатенкова — это женская форма, а её мужской вариант, Апатенков, строится по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Апатенок. Суффикс -енок в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на «младшего»: сына, ученика, молодого человека. В белорусской и южнорусской традиции -енок (или -ёнок) — это уменьшительная форма, обозначающая детёныша или потомка. Таким образом, Апатенок — это «маленький Апат» или «сын Апата».

Корень «Апат» — самый интересный и спорный момент. Скорее всего, это усечённая форма от крестильного имени Ипатий (в просторечии Апатий). Ипатий — имя греческого происхождения, означающее «высочайший», «консульский». В народной среде начальное «И» часто отпадало, а «тий» сокращалось до «т». Так Ипатий превращался в Апата, а его сын становился Апатенком. Менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «апат» — так в некоторых говорах называли опрятного, чистоплотного человека, но это значение встречается редко и локально.

Географически фамилия Апатенков (и Апатенкова) тяготеет к южным областям России и востоку Украины, где модель на -енок более распространена. Встречается она и в Курской, Белгородской, Воронежской областях — регионах, где исторически смешивались великорусские и малорусские говоры. Социально носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или однодворцев, у которых прозвища на -енок были обычным делом для различения родственников: один Апат, а его дети — Апатенки.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных форм имени (Апатов — от Апат), форма Апатенков подчёркивает родство по принципу «чей сын». Это даёт более точную картину: предок нынешних Апатенковых не просто носил прозвище Апат, а был именно его потомком, младшим в роду. Так что фамилия Апатенкова — это не просто «принадлежащая Апату», а «дочь Апатёнка», то есть внучка или правнучка того самого Апата.