Фамилия Апатрин — редкий случай, когда её основа на первый взгляд кажется заимствованной из другого языка. Слово «апатрид» (от греческого «apatris» — без родины) известно в международном праве, но к русским фамилиям оно не имеет прямого отношения. Версия о происхождении от прозвища «Апатрий» (человек без отечества) — искусственная и маловероятная для крестьянской или мещанской среды, где фамилии складывались из бытовых, а не юридических терминов.

Куда реалистичнее объяснение через русский диалектный глагол «апатрить» или «опатрить», который в некоторых говорах означал «испачкать, загрязнить, насорить». Отсюда появилось прозвище Апатра — неряшливый, неаккуратный человек. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Апатрин, то есть сын или потомок Апатры. Такая модель типична для прозвищных фамилий, образованных от прилагательных или глагольных форм.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с именем Апатий (разговорная форма канонического Агапий — «любимый»). В этом случае Апатрин — вариант с вставным «р» для удобства произношения (ср. Апатий → Апатрий). Однако подобные фонетические вставки редки, и прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

Фамилия Апатрин встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектная лексика сохраняла такие глаголы. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей, получивших прозвище по внешнему виду или манере поведения.

В написании фамилии возможна путаница с «Апатрин» и «Апотрин», но исходная форма именно с буквой «а» в корне. Сейчас это довольно редкая фамилия, численность носителей невелика.