Фамилия Апоницин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — патронимический суффикс -ин. В русской традиции он отвечает на вопрос «чей?»: Апоницин — это сын или потомок человека, которого звали Апоница. С этого и начинается главная загадка: имя или прозвище Апоница не встречается ни в святцах, ни в известных древнерусских антропонимиконах.

Самая вероятная версия выводит основу из греческого имени Аполлоний (в честь бога Аполлона). В народной речи, особенно в южнорусских и украинских говорах, имя Аполлон и его производные (Аполлинарий, Аполлония) сильно сокращали и искажали. Форма Апоница могла появиться по тому же принципу, что и Микита от Никиты или Митя от Дмитрия. Фамилия, таким образом, означает «потомок Апоницы» — человека, которого в быту звали сокращённо от Аполлона.

Менее убедительна версия о связи с диалектным словом «апоница». В некоторых регионах так могли называть человека, связанного с водой или рыбой (от греческого «опс» — рыба или «апон» — вода). Но у этой гипотезы нет надёжных лексикографических подтверждений, поэтому она остаётся лишь догадкой. Путать фамилию с церковным термином «апостол» тоже не стоит: фонетически это разные корни.

Географически фамилия Апоницин тяготеет к центральным и южным областям России, где греческие имена перерабатывались на народный лад. Встречается она крайне редко. Это говорит либо о локальном происхождении от одного рода, либо о поздней фиксации фамилии. Скорее всего, носители были крестьянами или мещанами, а их предок получил прозвище по имени, которое в официальных документах звучало иначе, чем в быту.